大家都知道，基因可以看作一个碱基对序列。它包含了4种核苷酸，简记作 A,C,G,T。生物学家正致力于寻找人类基因的功能，以利用于诊断疾病和发明药物。
在一个人类基因工作组的任务中，生物学家研究的是：两个基因的相似程度。因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用。两个基因的相似度的计算方法如下：
对于两个已知基因，例如 AGTGATG 和 GTTAG，将它们的碱基互相对应。当然，中间可以加入一些空碱基-，例如：
| A |
G |
T |
G |
A |
T |
- |
G |
| - |
G |
T |
- |
T |
A |
G |
这样,两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述，碱基之间的相似度如下表所示：
那么相似度就是：。因为两个基因的对应方法不唯一，例如又有：
| A |
G |
T |
G |
A |
T |
G |
| - |
G |
T |
A |
- |
G |
相似度为：。规定两个基因的相似度为所有对应方法中，相似度最大的那个。
